El nombre del municipio (Santa Cruz Tlaxcala), lo conforman tanto el vocablo español que alude a la liturgia católica, como la palabra tlaxcallan proveniente del idioma náhuatl. Esta última deriva de tlaxcalli que significa tortilla, eludiéndose la sílaba final li por la locativa lan, que denota lugar. De modo que tlaxcala significa “lugar de tortillas”.

Los primeros asentamientos existentes en el área que actualmente ocupa el municipio de Santa Cruz Tlaxcala, se localizaron en la fase cultural Tlatempan, de los cuales podemos identificar un pueblo con estructura arquitectónica elevada, 3 villas y una aldea. Los documentos disponibles, reportan la existencia de asentamientos en el área actual del municipio de Santa Cruz Tlaxcala. La cartografía levantada por el grupo de trabajo que integran el Proyecto Arqueológico Puebla-Tlaxcala, registra la existencia de por lo menos una villa y una aldea o microaldea. Los asentamientos reportados para el municipio de Santa Cruz Tlaxcala, para la primera fase Texcalac existe una aldea concentrada grande y una aldea dispersa chica, en tanto que para la segunda fase se cuenta con dos villas y una aldea concentrada grande.

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